PRESENTATION DU PROJET
Le projet MetaGenoPolis (MGP) (2011-2019 et renouvellement 2020-2024) est un projet ANR-Investissement d’avenir (un projet ANR plus long, pour avancer sur une question jugée stratégique) ainsi qu’un pré-démonstrateur industriel (montage de consortia avec les industriels) sur la recherche en métagénomique sur le microbiote intestinal impliquant 3 membres fondateurs : l’INRAE, l’ICAN (Institut de Cardiométabolisme et Nutrition, Hôpital La Pitié-Salpétrière) et l’UCLy. La mission de MGP est d'aider à démontrer le rôle du microbiote dans la santé et les maladies, en donnant accès aux approches métagénomiques les plus efficaces aux communautés académiques, médicales et industrielles. L’unité MGP a depuis 2013 une position de leader mondial dans le domaine de la métagénomique.
Le projet MGP est structuré en 4 plateformes technologiques et 1 plateforme éthique et acceptabilité sociale, appelée SOCA (UCLy).
La plateforme SOCA est composée de 5 enseignants chercheurs membres de l’Unité de Recherche Confluence : sciences et humanités (EA 1598) :
- Béatrice de Montera (responsable de projet) biologiste et philosophe, pôle 5 Développement intégral, écologie, éthique
- Michel Raquet, biologiste et artiste, pôle 5
- Sylvie Allouche, philosophe des sciences, pôle 5
- Juan Vidal, neuroscientifique, pôle 4 éducation, personne, accompagnement
- Claire Brun, biologiste, pôle 5
Il y a aussi :
- Laurence Terzan, doctorante, médecin et titulaire d’un master de philosophie, pôle 5
- Caroline Bouchot, assistante de recherche.
METHODOLOGIE
La plateforme SOCA coordonnée par UR forme les personnes et selon la méthode de l’éthique (et épistémologie) embarquée au laboratoire (« embedded ethics ») guide les décisions et les recherches des plateformes opérationnelles, la co-construction des questions de recherche, l’analyse des enjeux éthiques et propose aussi du conseil en temps réel. Le travail se fait par des rencontres, des interviews, des focus groupes, des séminaires, des colloques, la rédaction de rapports éthiques et d’articles de recherche pluridisciplinaires.
OBJECTIFS DE LA PLATEFORME SOCA
La plateforme SOCA fait l’accompagnement éthique du projet MGP et des projets qui en émanent comme le projet Le French Gut : co-construction d’une charte éthique public-privé, éthique des procédures de recherche, éthique de la communication vis-à-vis de différents publics (Béatrice de Montera avec la participation de Sylvie Allouche).
La plateforme SOCA développe aussi, en interaction avec les spécialistes du domaine, une réflexion à la fois pratique (conseil éthique) et plus théorique, voire spéculative, sur les enjeux philosophiques et éthiques de la science du microbiote.
COLLOQUE SYMBIOSE 2
La plateforme épistémologique et éthique SOCA du pôle 5 - Développement intégral, écologie, éthique de l'UR CONFLUENCE : Sciences et Humanités, en partenariat avec l'INRAE dans le cadre du projet ANR Metagenopolis, organise le colloque international SYMBIOSES 2, perspectives transdisciplinaires, le jeudi 21 et le vendredi 22 novembre 2024.
Activités principales en cours
Les 2 thématiques prioritaires travaillées actuellement par SOCA sont :
- la compréhension du rôle de la symbiose humain-microbes d’un point de vue transdisciplinaire ;
- l’accompagnement éthique du projet « Le French gut ».
LEURS QUESTIONNEMENTS D'AUJOURD'HUI A DEMAIN :
Si on peut expliquer le besoin de nouveaux mots avec l’avènement de nouvelles méthodes qui permettent d’identifier les espèces du microbiote et de recenser la diversité et la richesse en gènes, comment expliquer la diversité de mots nouveaux (microbiote, holobionte, hologénome) et pourtant la permanence d’un mot ancien comme celui de symbiose, utilisé dans les publications scientifiques depuis plus d’un siècle ?
Ecoutez le podcast la conférence de Joël Doré et Béatrice de Montera aux Utopiales 2021 sur Symbiose et Holobionte en recherche et en éthique : Les utopiales 2021 : rencontre avec Joel Dore et Beatrice de Montera
SOCA a organisé une journée d’étude au Centre interdisciplinaire d’éthique le 21/01/22 avec :
- Joël Doré, Directeur de recherches exceptionnel INRAE, spécialiste d’écologie microbienne
- Olivier Perru, Professeur émérite d’histoire
et philosophie des sciences à Lyon 1, spécialiste de la symbiose
A la fin du 19ème siècle, Heinrich Anton de Bary découvre le lichen issu de l’association intime d’une algue et d’un champignon et propose le mot de symbiose en 1879 pour rendre compte de cette « association vivante entre espèces différentes ». Avec pour objectif final, la délimitation de l’application interdisciplinaire de la notion de symbiose, nous avons analysé la symbiose à la fois sur les temps longs de l’évolution des espèces et sur les temps courts des vies individuelles à partir de 2 questions :
1) dans quels cas il s’agira d’une communauté de vie et dans quels cas pourra-t-on dire que les entités considérées font société,
2) peut-on étendre la symbiose aux relations entre individus (y compris cellules d’individus)
Laurence Terzan fait une thèse à l’Ecole Pratique des Hautes Etudes (Université Paris Saclay) dont la problématique est la suivante :
La symbiose microbiotique constitue un changement de paradigme pour les sciences du vivant en général et la médecine en particulier, transformant notre image du corps et les concepts de santé, maladie, thérapeutique et guérison.
Les recherches sur les microbiotes nous rappellent que le monde du vivant, depuis très tôt dans l’évolution des espèces, est constitué d’un énorme réseau de rapports entre organismes vivants, petits et grands.
Cette symbiose qui s’est instaurée, notamment entre les micro-organismes et les organismes pluricellulaires, a donné forme aux divers fonctionnements et façons de vivre de ces derniers. Ainsi, le microbiote intestinal ne joue pas seulement un rôle du point de vue nutritionnel, digestif ou immunitaire ; il participe aussi à la formation du comportement des organismes hôtes en tant qu’individus, ainsi qu’au niveau des interactions sociales. Ces comportements ont un impact à leur tour sur le microbiote intestinal, sa constitution et son évolution au cours du temps. Prendre conscience de cette relation causale bidirectionnelle imbriquée permettra de mieux comprendre la notion d’identité biologique
des organismes, qui ne peut reposer uniquement sur une définition génétique, mais qui doit être aussi relationnelle, reliée à la toile du monde vivant.
Juan Vidal et Laurence Terzan, avec
la participation de Béatrice de Montera
Le concept scientifique de symbiose est largement repris aujourd’hui par la société civile, le monde de l’entreprise, la culture. Qu’est-ce que cela dit de notre société,
de ses évolutions, de ses aspirations ?
Michel Raquet, Claire Brun et l'équipe SOCA :
De façon générale, la notion de symbiose est une source d’inspiration pour le monde de l’art – par exemple le laboratoire australien pionnier de biological arts SymbioticA ; en outre de nombreuses œuvres d’art, en particulier dans le domaine de la fiction, représentent des organismes symbiotiques réels ou spéculatifs – par exemple les Trills dans l’univers Star Trek ; les artistes peuvent aussi utiliser des formes de vie symbiotiques pour réaliser leurs œuvres – par exemple « Nuage d’épines et de lichen » de Chris Drury.
Michel Raquet et Sylvie Allouche
Doit-on modifier notre microbiote s’il n’est pas assez riche ? Quel serait le statut d’un humain sans microbiote (« germ free ») ? Serait-il encore proprement humain ? Serait-il constitutivement plus fragile et qu’est-ce que cela impliquerait pour son mode d’existence et en termes de responsabilité collective ?
Béatrice de Montera & l'équipe SOCA
Sera-t-on un jour en mesure de prévoir, voire de contrôler, l’impact des microbiotes terrestres sur de nouveaux environnements que nous coloniserions ? Par exemple en sélectionnant ou en créant des microbiotes considérés comme adaptés ? La science du microbiote pourrait-elle ainsi nous aider à coloniser d’autres planètes ? Faudra-t-il en particulier laisser les microbiotes terrestres les affecter, voire les coloniser ? Et quid de la possibilité d’être, à l’inverse, impactés par les microbiotes extra-terrestres, si l’on en rencontre ? Faut-il plutôt prévoir de ségréguer les biosphères pour éviter tout risque de pollution, ou au contraire viser la formation de nouvelles symbioses, libres ou dirigées, avec le risque de voir telle ou telle biosphère détruite, y compris la nôtre ?
Sylvie Allouche & l'équipe SOCA
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La recherche scientifique à l’UCLy est devenue une priorité qui s’est traduite par la création de cette Unité de Recherche.
